Hakikat sengketa pajak, didasarkan pada ketentuan Pasal 31 Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 adalah sengketa hukum publik. Karakteristik hukum publik, pertama sengketa pajak berkenaan dengan penggunaan wewenang negara memungut pajak; dan kedua, dengan demikian hukum materiel yang diterapkan adalah hukum publik, dalam hal ini hukum pajak yang pada dasarnya berkarakteristik hukum administrasi. Sebagai sengketa hukum publik maka badan peradilan yang berwenang untuk memeriksa sengketa pajak adalah Badan Peradilan Administrasi, dalam hal ini adalah Pengadilan Pajak. Karakteristik Pengadilan Pajak terletak pada asas-asas hukum yang melandasinya, yaitu asas praduga rechtmatig, asas pembuktian bebas, asas keaktifan hakim, dan asas erga omnes. Fungsi Pengadilan Pajak adalah untuk memberikan perlindungan hukum represif kepada wajib pajak terhadap Surat Ketetapan Pajak yang dikeluarkan oleh pejabat yang berwenang.
