Sengketa pajak di tingkat keberatan diputuskan oleh aparatur sipil negara berdasarkan Undang-undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan Nomor 28 Tahun 2007, dengan pertimbangan efisiensi dan efektivitas karena kedudukan pengadilan pajak di Indonesia hanya ada di Jakarta, Surabaya dan Yogyakarta. Penyelesaian sengketa pajak melalui lembaga keberatan adalah untuk mempercepat penyelesaian sengketa pajak, sehingga lebih cepat memberi kepastian hukum bagi kedua pihak baik wajib pajak maupun fiskus itu sendiri.

Ketentuan penyelesaian sengketa pajak sebagai upaya menyelesaikan sengketa di bidang perpajakan harus mendorong adanya penyelesaian sengketa secara adil, cepat dan murah, dengan memperhatikan perkembangan tehnologi, social dan ekonomi di masyarakat. Dengan adanya perkembangan tehnologi dan kebutuhan akan kecepatan layanan dalam memberikan kepastian hukum, maka ketentuan terkait penyelesaian sengketa pajak perlu untuk terus diperbaharui dengan mengikuti perkembangan jaman.

Model penyelesaian sengketa pajak yang dapat memberikan kebijakan hukum perpajakan nasional dalam penyelesaian sengketa pajak demi terwujudnya kepastian hukum pajak yang berkeadilan dilakukan tanpa melalui proses keberatan tetapi langsung dilakukan oleh pengadilan pajak. Untuk mengurangi jumlah sengketa, pemeriksaan dilakukan dengan lebih selektif dan ada proses quality assurance dalam tahapan pemeriksaan.