Sistem perpajakan Indonesia tidak hanya ditemukan dalam per­aturan perundang­-undangan perpajakan, tetapi juga dalam praktik di mana peraturan tersebut diimplementasikan. Dalam kaitannya dengan praktik, badan peradilan memiliki peran yang sangat fundamental. Badan peradilan yang dimaksud terdiri dari Pengadilan Pajak dan Mahkamah Agung. Pengadilan Pajak adalah badan peradil­an yang melaksanakan kekuasaan kehakiman bagi wajib pajak atau Penaggung Pajak yang mencari keadilan terhadap sengketa pajak. Putusan Pengadilan Pajak adalah putusan akhir dan mempunyai kekuatan hukum tetap, yang artinya tidak dapat dilakukan upaya hukum lanjutan. Namun demikian, terdapat upaya hukum luar biasa yang dapat diajukan oleh pihak­pihak yang bersengketa yang diatur dalam Pasal 77 Undang-­Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak. Permohonan peninjauan kembali atas putusan Pengadilan Pajak hanya dapat diajukan berdasarkan alasan­alasan yang diatur dalam Pasal 91 Undang­Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak ke Mahkamah Agung.

Kewenangan Mahkamah Agung berdasarkan peraturan per­undangan-­undangan terdiri dari kewenangan memeriksa dan me­mutus permohonan kasasi, sengketa tentang kewenangan mengadili dan permohonan peninjauan kembali terhadap putusan yang te­lah berkekuatan hukum tetap, kewenangan menguji peraturan perundang-­undangan di bawah undang­undang terhadap undang­ undang, memberikan pertimbangan terhadap permohonan grasi, memberi keterangan, pertimbangan, dan nasihat masalah hukum kepada lembaga negara dan lembaga pemerintahan. Kewenangan memeriksa dan memutus sengketa permohonan peninjauan kembali terhadap putusan yang telah berkekuatan hukum tetap termasuk juga sengketa pajak yang telah diputus oleh pengadilan pajak. Dan berdasarkan data dari laporan tahunan Mahkamah Agung beban penyelesaian sengketa pajak pada tingkat peninjauan kembali sejak 2016 hingga 2020 selalu mengalami peningkatan.